Edukativni programi muzeja namenjeni su publici različitih uzrasnih kategorija. Stalni edukativni programi u posebno kreiranom prostoru i u sklopu stalne postavke obuhvataju dečije programe: Muzej od A do Š, Kikin zabavni program, U društvu sa sovama, Kikinda od A do Š, Múzeum A-tól Zs-ig i Muzej kao učionica. Za obilazak stalne postavke na engleskom jeziku u ponudi je program TALE (Teach Art Learn English). U muzeju se realizuju i autorska i stručna vođenja, različiti participativni programi, muzejski teatar, letnji i zimski edukativni kamp, revije filmova, Sovembar, program Jedan predmet – mnogo priča. Volonterski programi namenjeni su populaciji mladih. Muzej za posete školskih ekskurzija organizuje obilazak stalne muzejske postavke, mlina Suvače i radionice za decu predškolskog i školskog uzrasta.